Blu, Jewel e i loro tre bambini vivono in armonia nella magica città di Rio de Janeiro. Un giorno Jewel decide che i suoi figli devono imparare a vivere come i veri uccelli e decide allora che la famiglia deve lasciare Rio per raggiungere l’Amazzonia. Le cose si fanno però critiche quando Nigel, la vecchia nemesi di Blu e Jewel, torna per vendicarsi.