Un agente dell’ATF statunitense, Ethan Carter, compie un raid ai danni di ”The Brotherhood of Liberty”, un’organizzazione terroristica. Il loro leader, William Fain, viene catturato e la sua famiglia viene erroneamente uccisa nel raid.

Sette anni più tardi, l’organizzazione si appropria di antrace e progetta un attacco missilistico contro il governo degli Stati Uniti. Ethan deve ora infiltrarsi nell’organizzazione per fermare l’attacco contro il governo tramite lo stesso William, che viene rilasciato a condizione che aiuti l’ATF. Tramite William, Carter arriva a contattare il nuovo capo dell’orgaznizzazione, George Armstrong Montomery. L’agente Julia Sanders fa da supporto a Carter che, infiltratosi nell’organizzazione, la utilizzerà come ponte con l’ATF.