Nel Medioevo, il mago malvagio Gargamella scopre il villaggio dei Puffi, piccole creature intelligenti del sottobosco, e li costringe alla fuga.

Una volta sparpagliati nell’ambiente, Tontolone si imbatte in una grotta “proibita” e 5 dei puffi lo seguono. Trattandosi, però, di un portale magico per il teletrasporto temporale, il gruppo si ritrova a Central Park, a New York.

Aiutati da una giovane coppia sposata, Grace e Patrick Winslow, i Puffi cercheranno una soluzione per tornare nel loro mondo e nel loro villaggio, prima che Gargamella li trovi.